La respiración de la arawana azul depende en su totalidad del aparato branquial, mediante el cual se realiza el intercambio de oxígeno (O2) y dióxido de carbono (CO2), entre el pez y el ambiente acuático. El flujo constante de agua de buena calidad, además de garantizar la disponibilidad de oxígeno, también permite mantener el equilibrio osmótico en su cuerpo, ya que la concentración de sales en el medio acuático es inferior a la de la sangre y tejidos de los peces de agua dulce. Para recuperar las sales que se pierden, las branquias las absorben del medio y sus riñones tienden a bombear el exceso de agua que produce una orina muy diluida.