El sistema digestivo de la arawana azul corresponde al patrón morfológico de peces carnívoros, con un estómago relativamente grande y un intestino corto. Las presas son trituradas, parcialmente, por el con- junto de lengua y placas óseas palatinas. Luego pasan a la faringe, la cual está perforada lateralmente por los arcos branquiales que poseen rastrillos fuertes. Estos contribuyen a desmenuzar el alimento antes de que pase al esófago, que se caracteriza por ser un tejido fuerte y elástico, compuesto por células secretoras de una sustancia mucilaginosa que favorece el avance del alimento hacia el estómago.

La secreción de jugos gástricos y enzimas provenientes del hígado y ciegos pilóricos, permiten digerir el alimento conformado, en gran parte, por insectos provistos de exoesqueletos de quitina, que requieren de enzimas especializadas para su digestión.
Otras particulares características de las arawanas son sus órganos y tipo de reproducción. En machos y hembras sólo se desarrolla la gónada izquierda.