El aparato branquial de la arawana azul está constituido por arcos branquiales a cada costado de la parte posterior de la cabeza. En la parte anterior de los arcos se encuentran estructuras óseas denominadas rastrillos branquiales, involucradas en el proceso de ingestión del alimento. En el costado posterior de cada arco se fijan los filamentos branquiales que, junto al medio acuoso, constituyen el soporte de las laminillas branquiales.